Воздействие предприятия на окружающую среду ежегодно поддерживается на стабильно низком уровне. За 2019 год валовый выброс вредных химических веществ в атмосферный воздух составил 64% от установленного предельно допустимого выброса, выброс радиоактивных веществ – 0,156% от предельно допустимого выброса. Сбросов загрязняющих веществ в поверхностный водоем предприятие не имеет. Радиационная обстановка в районе расположения АО «ПО ЭХЗ» соответствует безопасным значениям гамма-фона, свойственным восточно-сибирской части России, – 0,12–0,14 мкЗв/час. Жалоб и претензий, связанных с воздействием предприятия на окружающую среду, со стороны общественных организаций и жителей Зеленогорска не зарегистрировано.
Завод прочно удерживает позицию одного из самых экологически благополучных предприятий региона, где используются передовые подходы к охране окружающей среды и налажен диалог с общественными экологическими организациями. Значимым событием 2019 года стала победа АО «ПО ЭХЗ» в XV Всероссийском конкурсе «Лидер природоохранной деятельности в России – 2019» в номинации «Лучшее экологически ответственное градообразующее предприятие».